Esta ubicada en el lago Peten Itza. Antiguamente se llamaba Tayasal. Se dice que Hernan Cortes, en su viaje hacia Honduras, en el siglo XVI, llego a la isla, en donde fue recibido de forma amistosa por el rey Canek, al que dejo su caballo lastimado que fue tratado como un Dios. Luego de varios intentos fallidos por convertir a los indigenas al cristianismo, los españoles destruyeron Tayasal, en el siglo XVII, y quedo abandonada hasta el XVIII.
En la actualidad se le llama asi en honor a Cirilo Flores destacado medico y politico guatemalteco del siglo XIX, firme partidario de la independencia de Centroamerica.
