Izabal posee un territorio fertil por los rios que lo irrigan. Entre los mas importantes puede mencionarse el Motagua, Lampara, Cienaga, Zarco, Polochic, Sarstun, Dulce y Oscuro. En su recorrido, el rio Dulce forma un golfete donde se ha creado el biotopo protegido Chocon Machacas, lugar para la preservacion de varias especies.
Mas cerca de la costa esta el cerro San Gil, en Livingston, que tambien ha sido declarado reserva ecologica. El departamento presenta viariantes de elevacion. La sierra de las MInas es parte de su territorio, sus picos alcanzan hasta los 2,000 metros sobre el nivel del mar, las montañas mas conocidas son las Grita y las del Mico.
