El nombre de San Juan Ermita es de origen español. Una vez que fundaban una comunidad, le ponían un patrón.
En este caso, San Juan Bautista. Respecto a “Ermita”, lo mas probable es que antes de ser construida la Iglesia actual, el pueblo contara con una pequeña Ermita de donde se originó su nombre.
Algunos creen que en la antigüedad, este municipio se encontraba poblado por ermitaños que se guarnecían en grutas, de las cuales se pueden mencionas las que encuentran en las Peñonas, en el Caserío Los Migueles, de aquí se originaría el nombre de Ermita.
De hecho, estudiantes de arqueología de la Universidad de San Carlos, han descubierto recientemente en éste lugar de grutas y cuevas, pinturas rupestres de gran valor histórico y turístico.
No se tiene conocimiento alguno de la fecha exacta en equ fue fundado. Lo que si podemos asegurar es que se trata de un pueblo antiguo creado en al éopoca colonial; fue un asentamiento de colonizadores españoles, esa es la razón de tanto apellido de origen hispano.
Este pequeño pueblo cuenta con varios atractivos que vale la pena visitar. Su nombre lo debe en parte a su patrón San Juan Bautista. En 1770 el arzobispado Pedro Cortes y Larraz en su camino de jocotán a Quetzaltepeque dio con la población y ordenó la construcción de una iglesia.
Otro atractivo son Las Peñonas, ubicadas en el caserío San Miguel, una curiosa formación de piedras que parecen sostenerse de la orilla de la montaña.
También es posible visitar las cuevas de San Miguel, donde en 2009 se encontraron en su interior pinturas rupestres. Se ubica en el kilómetro 184 de la carretera CA-10 que conduce de Chiquimula a Quetzaltepeque.
